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zyagen 水生动物基因组 DNA

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zyagen 水生动物基因组 DNA

简要描述：Zyagen是一家位于美国加利福尼亚州圣地亚哥的生物技术公司，自2000年以来一直是生命科学产品和服务优秀提供商，专注于基因表达。zyagen试剂供应 zyagen 水生动物基因组 DNA

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品牌 其他品牌 供货周期 一个月
应用领域 医疗卫生,环保,化工,生物产业,制药

zyagen 水生动物基因组 DNA

zyagen 水生动物基因组 DNA

Zyagen是一家位于美国加利福尼亚州圣地亚哥的生物技术公司，自2000年以来一直是生命科学产品和服务优秀提供商，专注于基因表达。Zyagen 开发、制造和销售用于基因及其蛋白质产品的细胞定位、表达和定量分析的优质生命科学产品、生化和试剂。Zyagen 还为世界各地的制药、生物技术、联邦和学术研究机构提供组织学和分子生物学方面的定制研究服务。

Zyagen 提供许多水生物种的纯净且完整的高分子基因组 DNA。从单一供体的组织中提取基因组 DNA，并用无 DNase 的 RNase 处理以去除污染的 RNA。基因组 DNA 通过 Nanodrop（一种分光光度计技术，而非荧光计/Qubit）进行测量，并以 TE 缓冲液中的 0.5 mg/ml 或 1 mg/ml 浓度提供在 1.5 ml 试管中。还可根据要求提供许多物种的多个供体的基因组 DNA 样本。

应用：

  • PCR扩增

  • Southern印迹分析

  • 基因组DNA甲基化

  • 单核苷酸多态性（SNP）分析

  • 基因表达谱研究

  • DNA文库构建

质量控制：

  • 通过琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测基因组DNA的完整性和纯度

  • A260/280比率>1.8

  • 无RNA污染

  • β-肌动蛋白成功 PCR 扩增

  • 通过 EcoR1 和/或 Hind III 酶成功消化 DNA。


上海金畔生物科技有限公司

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通过高等动物的双链RNA纯化技术实现对RNA病毒的高效综合检测

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通过高等动物的双链RNA纯化技术实现对RNA病毒的高效综合检测

通过高等动物的双链RNA纯化技术实现对RNA病毒的高效综合检测

筑波大学生 命环境系1）、北海道大学 医学研究院 微生物学免疫学领域2） 

浦山俊一1）、福原崇介2）

◆前言

人类发现病毒的存在大约是在1900年，其契机是动植物间出现的一种原因不明的传染病。在寻找致病病原体的过程中，由于它比当时已知的最小病原体（微生物）更小，且具有异质性，因此被命名为"病毒"。此后，研究人员在所有生物体内都发现了各种不同类型的病毒，现在病毒被认为是细胞生物体内普遍存在的绝对寄生因子。

RNA病毒是以RNA为基因组的病毒的总称，从狭义上讲，是指去除在其生命周期内同时利用DNA的逆转录病毒（例如HIV的基因组是RNA，但它能经过逆转录进入宿主的基因组DNA中）的病毒群。它包含多种对人类，家畜和植物等经济型生物有重大危害的病毒，例如典型的SARS-CoV-2、流感病毒、寨卡病毒和丙型肝炎病毒。

对于肉眼无法看见且难以培养的RNA病毒，”发现”其存在至关重要。不仅是医疗领域，还需要更进一步展开关于这些RNA病毒的起源和传播的全健康（one health）研究，并从包含RNA病毒的全球生态系统的角度对其进行认识。因此，基于各种目的的RNA病毒检测方法也应运而生，本文将基于"双链RNA"的方法介绍其应用于高等动物组织的案例。

 

◆利用双链RNA检测RNA病毒的原理

不携带RNA病毒的细胞几乎不存在长双链RNA。但是，存在RNA病毒时，RNA病毒基因组的复制过程中会产生双链RNA，因此，如果在生物样品中检测出双链RNA，则表明存在RNA病毒1），此处的关键在于双链RNA的纯化技术。纯化主要使用的是利用双链RNA结合于纤维素树脂的性质的柱色谱法1-3），和使用双链RNA结合蛋白和抗双链RNA抗体的方法，以及通过DNA和单链RNA的分解留下双链RNA的方法。通过解码得到的双链RNA，也可以选择性地确定RNA病毒基因组4-8）。

 

◆动物组织中的双链RNA的纯化和解码

由于几乎没有从高等动物样品纯化双链RNA的报告，因此我们首先使用被广泛使用的纤维素树脂进行纯化。使用市售肉糜的测试结果表明，rRNA的读数比例的约占90%，通过分子内互补结合，残留了大量具有部分双链RNA结构的rRNA（图1左）。相同的方法应用于真菌、植物、昆虫时，rRNA读数比例仅为百分之几，这表明这是高等动物样品特有的课题。因此，将使用相同方法纯化的双链RNA溶液进一步用市售的rRNA去除试剂盒进行处理，可将rRNA读数比例减少到20%左右（图1右）。

通过高等动物的双链RNA纯化技术实现对RNA病毒的高效综合检测

图1. 肉糜样品中，普通的双链RNA纯化会残留大量rRNA

使用自制核酸纯化柱通过纤维素树脂从肉糜样品中纯化双链RNA。为了阐明rRNA的去除效果，将获得的双链RNA组分进行分组，准备已去除rRNA的样品和未去除rRNA的样品，分别通过FLDS法9）进行测序。通过SortMeRNA软件计算rRNA在清理后的数据中所占的比例。

但是，使用rRNA去除试剂盒会使每个样品的成本增加1万日元左右，处理过程也会变得繁琐且耗时。因此，使用ISOVIRUS Ⅱ（使用纤维素树脂纯化双链RNA用试剂盒， ISOVIRUS的动物样品版）对人肝脏样品进行测试。结果表明，使用ISOVIRUS Ⅱ时，即使不经过rRNA去除工序，也可将rRNA读数比例抑制在20%左右（图2A左）。当ISOVIRUS Ⅱ与rRNA去除试剂盒配合使用时，可进一步降低rRNA读数比例至10%以下（图2A右）。并且，该样品来源为HCV阳性患者，因此也能检测出HCV读数（图2B）。

通过高等动物的双链RNA纯化技术实现对RNA病毒的高效综合检测

图2. ISOVIRUS Ⅱ的rRNA残留量少

使用ISOVIRUS Ⅱ通过纤维素树脂从人肝脏样品中纯化双链RNA。为了阐明rRNA的去除效果，将获得的双链RNA组分进行分组，准备已去除rRNA的样品和未去除rRNA的样品，分别通过Modified dsRNA-seq法4）进行测序。通过SortMeRNA软件计算rRNA在清理后的数据中所占的比例，并通过绘图计算HCV的比例。

◆结语

双链RNA作为RNA病毒感染的分子标志物，近50年来一直为提高RNA病毒的探索效率做出贡献。实际上，笔者以前报告的Modified dsRNA-seq方法已成功捕获以极低复制率潜藏在人体器官中的HCV。与采用一般的RNA病毒探索方法相比，检测灵敏度高数百倍，且无需花费巨额测序成本就能全面检测RNA病毒。

直到最近，双链RNA纯化还没有试剂盒化，而是作为每个研究室传承的特殊技术。但是，随着ISOVIRUS系列的推出，它成为了人人都能使用的技术。并且，ISOVIRUS Ⅱ还有望消除昂贵且繁琐的rRNA去除工序，大幅降低从高等动物样品中探索RNA病毒的成本。

在RNA疫苗的生产中，需要去除作为副产物产生的双链RNA，以避免不必要的自然免疫激活10）。ISOVIRUS系列能够稳定地回收可能仅微量存在的HCV来源双链RNA，并且具有数百ng量级的高结合容量，还有望用于上述RNA疫苗的生产。

◆参考文献

 1. Morris, T. J. and Dodds, J. A. : Phytopathology, 69, 854 （1979）.

 2. Marquez, L. M. et al. : Science, 315, 513 （2007）.

 3. Okada, R. et al. : J. Gen. Plant Pathol., 81, 103 （2015）.

 4. Izumi, T. et al. : Viruses, 13, 1310 （2021）.

 5. Hirai, M. et al. : Microbes Environ., 36, ME20152 （2021）.

 6. Roossinck, M. J. et al. : Mol. Ecol., 19 Suppl 1, 81 （2010）.

 7. Decker, C. J. et al. : Viruses, 11, 943 （2019）.

 8. Yanagisawa, H. et al. : Viruses, 8, 70 （2016）.

 9. Urayama, S. et al. : Mol. Ecol. Resour., 18, 1444 （2018）.

10. Rosa, S. S. et al. : Vaccine, 39, 2190 （2021）.

◆注释

双链RNA

两个具有互补序列的RNA分子形成碱基对，具有双螺旋结构的RNA分子。

读数（比例）

指通过新一代测序技术获得的庞大数量的碱基序列之一。在庞大的读数中，表示特定序列所占的百分比时，称为"读数比例"。

HCV

丙型肝炎病毒（HepatitisCvirus）的简称。多数的慢性感染患者被认为会发展成肝硬化或肝癌。

◆相关产品

双链RNA纯化试剂盒

产品编号

产品名称

产品规格

310-08811

ISOVIRUS

20次用

312-09091

ISOVIRUS II

20次用

美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒 实验室耗材6560200

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美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒 实验室耗材

简要描述：

美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒用于从土壤中的所有生物包括 G+细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫类甚至真细菌的孢子、芽孢中提取基因组 DNA。而且它还可以提取其他环境样品的 DNA，如沉积物、排泄物、废水、雪水等。只需 500mg的样品即可得到足够的 DNA。

英文名： FastDNA Spin Kit for Soil
保质期： 长期
规格： 50T
从土壤样品中提取基因组 DNA
FastDNA Spin Kit for Soil （ MP bio土壤基因组 DNA提取试剂盒）
FastDNA Spin Kit for Soil （土壤基因组 DNA提取试剂盒）用于从土壤中的所有生物包括 G+细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫类甚至真细菌的孢子、芽孢中提取基因组 DNA。而且它还可以提取其他环境样品的 DNA，如沉积物、排泄物、废水、雪水等。只需 500mg的样品即可得到足够的 DNA。实验原理为用特殊的裂解介质 E处理样品，之后使用自旋过滤器基于硅吸附 DNA原理的 GENECLEAN步骤进行纯化，得到的 DNA可用于 PCR、限制性酶切、电泳及其他下游实验。
产品应用： 从土壤或其它环境样品的生物体中分离 DNA,所获得的 DNA可用于 PCR、电泳、酶切和其它实验。
保存条件： 试剂盒置于室温（ 15-30℃）条件下保存。
实例： 下图的基因组 DNA使用 FastDNA Spin Kit for Soil提取获得。
土壤样品来自： 番茄盆栽；淤泥；砂土；松树下；棕榈树下；绿色花园；马蹄莲盆栽；草坪；柑橘树和鳄梨树等 
产品特性与优点
配合 FastPrep仪器裂解样品处理更快、重复性更好、产量更高；
适用于从不同类型土壤的微生物和动植物组织中分离基因组 DNA；
对不同来源的样品，都可以在 60min内裂解分离 DNA，配合 FastPrep仪器只需 30min；
不含有毒有害的试剂成分。 

美国MP土壤基因组DNA提取试剂盒

订货信息：

货号           品名                                 规格

6560200 FastDNA SPIN kit for Soil 50prep