试剂怎么用——琼脂糖
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即使是为同一目的所用的试剂种类繁多，同一物质也会有不同的浓度、纯度、规格。 因此，经常有研究人员向我们问到“不知道哪一种适合自己的实验”等。 为了解决这样的问题，小光老师将介绍一些正确区分使用FUJIFILM Wako品牌试剂的方法。 |
◆琼脂糖
应用于核酸电泳的琼脂糖是从石花菜、江蓠等红藻中所提取的高纯度琼脂。
琼脂糖虽在分子生物学实验中较为常见，但其实种类繁多。为选择适合实验目的的琼脂糖，需检查以下项目。
● 凝胶强度
琼脂糖凝胶破裂所需的载荷用（g/cm2）来表示。标准琼脂糖约为≧1,200 g/cm2（浓度1.5%，Nippon Gene Agarose S）。分离高分子核酸时，需要使用低浓度琼脂糖，因此使用高凝胶强度的琼脂糖可更有效地制备凝胶。反之，在分离低分子核酸时，则使用凝胶强度低的琼脂糖。
● 熔点
琼脂糖凝胶融化的温度。标准琼脂糖的熔点在90°C左右，可通过引入羟乙基来降低熔点。这种低熔点型琼脂糖比双链DNA的变性温度要低，加热至65°C左右即会熔化，因此应用于DNA回收等。低熔点琼脂糖的胶凝化温度也比其他琼脂糖低。
● 硫酸含量
应用于电泳的琼脂糖由琼脂糖和琼脂胶组成，杂质琼脂胶中含有硫酸基团。因此，琼脂糖标准品中的硫酸含量表示琼脂糖的纯化程度，高纯度琼脂糖的硫酸含量表示为≤0.1-0.2%。
● 电渗度
琼脂糖因带有硫酸基等而带负电，接触的缓冲液带正电，两者极性相反。在这种状态下进行电泳时，带正电的缓冲溶液向阴极移动。这种现象称为电渗，也是琼脂糖凝胶电泳中迁移缓慢的原因。因此，一般使用电渗度低的琼脂糖进行电泳。
Nippon Gene Agarose 产品系列及正确使用方法
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产品名 产品编号 |
凝胶强度 |
熔点 |
胶凝温度 |
硫酸含量 |
电渗度 |
分离范围 |
使用浓度范围 |
用途 |
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Agarose S 318-01195 |
≧1,200g/cm2 （1.5%） |
≦90℃（1.5%） |
37-39℃（1.5%） |
≦0.1% |
≦0.1 |
0.5-30kbp |
0.5-2% |
标准琼脂糖。可制备的凝胶浓度范围广，成本低。 |
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Agarose HS 312-01431 |
≧1,600g/cm2 （1.5%） |
≦93℃（1.5%） |
37-39℃（1.5%） |
≦0.1% |
≦0.1 |
0.5-30kbp |
0.5-2% |
凝胶强度高，Southern印迹的理想选择。 |
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Agarose H 312-01431 |
≧2,600g/cm2 （1.5%） |
Boil（1.5%） |
37-39℃（1.5%） |
≦0.2% |
≦0.2 |
1-200kbp |
0.2-1% |
可制备高凝胶强度、低浓度的凝胶。分离高分子量核酸的理想选择。 |
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Agarose XP 316-06515 |
≧450g/cm2 （1.5%） |
≦65℃（1.5%） |
≦30℃（1.5%） |
≦0.1% |
≦0.1 |
0.01-20kbp |
1-4% |
低熔点琼脂糖。凝胶温度低，容易回收核酸。 |
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Agarose 21 319-03244 |
≧800g/cm2 （3%） |
≦85℃（3%） |
34-38℃（3%） |
≦0.1% |
≦0.1 |
0.01-1.0kbp |
2-5% |
溶解性优异，可制备高浓度凝胶。分离小分子核酸的理想选择。 |
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Agarose X 313-02681 |
≧1,200g/cm2 （4%） |
≦92℃（4%） |
31-39℃（4%） |
≦0.15% |
0.06-0.14 |
0.01-1.0kbp |
2-6% |
溶解性优异，可制备高浓度凝胶。凝胶强度高于Agarose 21。 |
【参考文献】
1）電気泳動学会 編：「新版 電気泳動実験法」（文光堂）（1989）．
2）大藤道衛 編：「電気泳動なるほどQ&A」（羊土社）（2007）．
3）Green, R. M. and Sambrook, J.： ”Molecular Cloning A Laboratory Manual, 4th ed.”, Cold Spring Harbor Laboratory Press（2012）．