彗星检测、彗星分析步骤——Cell Biolabs的Comet Assay

DNA损伤-由于环境因素或者细胞内正常的代谢会导致每天每个细胞内1000-1000000个分子发生损伤。当然,这不过是人类基因组中60亿正常基因的微不足道的组成部分。但是,如果损伤是发生在很关键的基因上面的时候,那么就有可能造成所在细胞不能正常的执行生理功能,严重的话,有可能会诱发癌症的发生。

彗星检测或者称为单细胞凝胶电泳试验- single cell gel electrophoresis assay(SCGE)是一种用来检测单细胞内DNA损伤情况的检验技术。在电泳试验中,受损的蜂窝状的DNA(包含有断裂的片段和碎片)会和未受损的DNA分子区分开来。一种类似于“彗星尾巴”的现象就会出现在显微镜下。DNA受损范围可以通过观察彗尾来进行评估,当然,我们也可以通过相关的分析软件来进行评估。

1988年Singh等科学家建立了碱性彗星实验用以对DNA对损伤程度做出评估,之后又有实验人员对Singh等建立的碱性彗星实验的一些步骤作了改良。用超净工作台上的紫外消毒灯(可发射波长为254 nm的紫外线(Ultraviolet,UV),属于UVC波段范围)作为DNA损伤的诱导因子,诱导K562细胞DNA损伤,用改良彗星实验检测损伤程度。

Cell Biolab公司的OxiSelect™ Comet Assay是一种通过彗星分析快速灵敏检测DNA损伤的试剂盒系统。首先我们将细胞与融化的琼脂充分混合后涂抹到试剂盒中的OxiSelect™ Comet Slide上面,之后这种植入的细胞要用裂解缓冲液和碱性溶液进行处理,这样会使DNA松弛与产生变性。最后,通过水平电泳将完好的DNA与有损伤的DNA分开,之后将样本用DNA染料进行染色,然后在倒置荧光显微镜下观察。在显微镜下我们观察彗星检测、彗星分析步骤——Cell Biolabs的Comet Assay到受损的DNA是有彗尾产生的。如下图所示Cell Biolabs公司彗星检测操作的一个典型图示过程:

【试验准备】

试剂盒内提供彗星分析用的Slide盖片、OxiSelect™彗星琼脂凝胶、Vista DNA绿色染料、裂解缓冲液等,首先按照Protocal配制其他常规试剂并做预处理。

如需要将OxiSelect™彗星琼脂凝胶装入瓶中,在90-95ºC的条件下水浴20分钟到琼脂凝胶呈液态,然后将琼脂凝胶放到37度的水浴锅中备用。而Vista DNA绿色染料则需要用提供的TE缓冲液稀释为1X的溶液,储存在4度条件下备用,可储存3周,需要避光保存。

另外对于电泳液的选择,需要根据试验的需要和灵敏度来选择合适的电泳液,TBE适合用于检测细胞的凋亡和彗尾的长度分析,TBE电泳能够检测单链和双链DNA的破裂,有时候也能检测到AP的位置。而碱性电泳液能提高检测灵敏度,不但微小的DNA破裂能检测到,甚至大多数的AP位置和碱性的不稳定DNA加合物也能检测出来。具体的选择和配置详见Protocal。

【试验步骤】

1.在实验前将裂解缓冲液,碱性溶液和电泳液准备好,4度存储。

2.将OxiSelect™ Comet琼脂水浴加热到90-95ºC 20分钟或者直到琼脂糖变成液态,然后将琼脂糖放到37度的水浴锅中备用。

3.准备细胞样本,包括对照样本

a)悬浮细胞:将细胞悬浮于离心管中700g离心2分钟后弃去上清,用冷冻的PBS (无Mg2+、Ca2+)冲洗一次,离心,去上清。最后用冷冻的PBS (无Mg2+、Ca2+)将细胞悬浮为1 x 105 cells/mL。

b)贴壁细胞:将细胞取出,用橡胶刮片转移到一个锥形瓶中700g离心2分钟后弃去上清,用冷冻的PBS (无Mg2+、Ca2+)冲洗一次,离心,去上清。最后用用冷冻的PBS (无Mg2+、Ca2+)将细胞悬浮为1 x 105 cells/mL。

c)组织样本:将组织切开,将一小块组织放到1-2ml含有20 mM EDTA的冰的PBS(无Mg2+、Ca2+)中,浸泡5分钟,将上清转移到离心管中,离心,去上清。最后用用冷冻的PBS (无Mg2+、Ca2+)将细胞悬浮为1 x 105 cells/mL。

4.将细胞样本与琼脂糖以1:10的比例混合,然后立刻用吸管按75ul/孔的量铺到OxiSelect™ Comet Slide玻璃板中,必须保证每孔都铺均匀了。(注意:如果样本量比较大的时候,我们要在37度的条件下加样,以免琼脂糖凝结。)

5.保持玻璃板的水平,将板子转移到4度避光条件下静止15分钟;

6.将玻璃板转移到一个盛有裂解缓冲液 (~25mL/slide)的容器中,在4度避光中静止30-60分钟;

7.轻轻吸去裂解缓冲液,加入预先准备好的碱性溶液(~25 mL/slide). 在4度黑暗中静止30分钟;

8.电泳

【试验结果】

彗星检测、彗星分析步骤——Cell Biolabs的Comet Assay

图为:Etoposide Treatment of Jurkat Cells,左边的图是没处理过的细胞,右边的是处理过的细胞,碱性电泳条件为33 V/300 mA 15分钟。由上图可见明显的彗尾,也就是DNA损伤状态。

【结果分析】(定量化分析非必须)

您也将试验图片进行定量化分析。DNA损伤的结果衡量是用衡量“慧头”与“彗尾”的位置来进行的,尾部瞬间与尾部的DNA百分比含量是用来分析结果的重要参数,样本中至少应该分析50-100个细胞,在样本中,尾部瞬间图应该在DNA损伤的图中被标注出来,这样DNA的损伤可以与DNA的遗传物质迁移进行对比,然后来计算结果。彗星检测、彗星分析步骤——Cell Biolabs的Comet Assay

彗尾DNA的含量%=彗尾DNA的光密度/细胞DNA的光密度

彗尾位移可以用以下方法来进行测量:
a) Olive彗尾位移=彗尾的DNA% X 彗尾的位移长度
b) 彗尾的位移面积=彗尾的DNA% X 彗尾长度

现在在也开发了好多彗星试验分析的商业软件。例如LACAAS 来自于Loats Associates, Inc.) 和Comet Assay IV 来自于Perceptive Instruments。

Cell Biolabs的OxiSelect™ Comet Assays (Single Cell Gel Electrophoresis)试剂盒提供多种样式供您选择,有3孔板(货号:STA-350/351/351-5)和96孔板(货号:STA-355/355-5)不同样式。其中OxiSelect™ Comet Assay Kit中,包含彗星分析载玻片、彗星分析用琼脂糖以及其它试剂;另外Cell Biolabs根绝您的实验要求,还单独提供彗星分析载玻片,也根据3孔板样式和96孔板样式分为多种样式(货号:STA-352/353/353-5/SAT-356/STA-356-5)。每种彗星分析样式均有多种包装供您选择。另外,还提供单独的彗星分析阳性和阴性细胞作为您的试验对照(货号:STA-354)。如果您对以上产品感兴趣,请请致电021-50837765到上海金畔生物科技有限公司垂询氧化应激及损伤相关的实验解决方案,或索取最新的Cell BioLabs产品资料。